嘉靖三十一年，26岁的李贽考中举人，并进入官场，历任河南共城县教谕（县教育局长）、南京国子监博士（国立大学老师）、南京刑部员外郎（司法部副司长）、51岁时晋升为云南姚安知府（地级市长）。由于思想上的巨大差异，李贽与上司的见解常常大相径庭，感到越来越不爽，为了摆脱约束取得自由，他毅然离开官场，应好友耿定理之邀携妻女在耿的家乡湖北黄安居住，充任耿定理家中门客兼教师并在黄安天台书院讲学论道。三年后，耿定理不幸去世，李贽只好将妻女送回福建泉州老家，自己一个人移居麻城继续着述讲学。

李贽一贯主张个性解放，思想自由；反对理学空谈，提倡功利主义；反对封建礼教，主张婚姻自由；崇尚对社会生活少干涉或不干涉的“至道无为”政治理想。他自幼倔强难化，“不信道，不信仙”，12岁时就写文章，反对孔子把种田人看成“小人”。他在麻城频繁讲学，每每抨击时政，针砭时弊，听任各界男女前往听讲，受到庶民百姓的热烈欢迎，直至今日，人们仍然念念不忘，麻城民间广泛流传着怪老头李贽的传说。

《怪老头》历史故事说，明代万历年间，有个叫李贽的怪老头住在龙湖芝佛寺着述、讲学。虽说他是有大学问的人，却也开荒、种粮、种菜、勤快得很。李贽讲学跟别的先生不一样。别的先生只收男孩，他偏偏要男女收在一起教；别人都要求孩子走路要轻，说话莫大声。而李贽偏要他们蹦蹦跳跳翻跟头，大声读书震天吼；别人教书要白天，李贽白天要求孩子帮大人种田、种地，夜晚听他讲学；别人教书是在学堂里，李贽要学生在钓鱼台上听；别人教书专讲“四书”、“五经”， 李贽专教些实用的东西，还经常出谜语逗孩子玩。有一次，李贽说： “什么脚上长头发？清早起来地上爬？ 什么有脚不走路？什么无脚走天涯？”由于平时教育生动活泼，无拘无束，孩子们便你一言，我一语地讨论，于是很快就答出来了：“扫帚脚上长头发，清早起来地上爬；桌椅有脚不走路，扁担无脚走天涯。”见孩子们答得如此顺利，他又出了一个谜语：“皇帝老子去偷牛，满朝文武做小偷；公公拉着媳妇手，孩子打破老子头。”这一次孩子们猜来猜去，都猜不出来，难住了。李贽笑着说：“你们不是猜不着，是还没有长这个胆量。要干大事，就得敢破旧规矩，敢想，敢说，还要敢干。”接着，他解释说：“第一句‘皇帝老子去偷牛’是君不君；第二句‘满朝文武做小偷’是臣不臣；第三句‘公公拉着媳妇手’是父不父；第四句‘孩子打破老子头’是子不子。”学生们听了以后，感到有趣，到处传播，气得那些官老爷和封建卫道士们连连骂李贽是“盗教”、“邪教”、“异端”。

李贽不仅在言论上着书立说反封建，而且在行动上也大逆不道。万历十六年（1588年）夏天他剃光了头以示和鄙俗断绝，虽身入空门居住在佛教寺院，却不受戒、不做僧众的功课，强烈冲击了传统世俗，被当地的保守势力视为“异端”、“邪说”，群起围攻，以“维护风化”为名，指使歹徒烧毁龙湖芝佛院，又毁坏他预为藏骨的墓塔，要把他驱逐出境。朋友马经纶得知消息后，便将75岁的李贽接到通州（今北京通州区），住在莲花寺。

次年，李贽最终以“敢倡乱道，惑世诬民”的罪名在通州被捕，并焚毁他的着作。三月十五日，以剃发为名，夺下理发师的剃刀割断自己的喉咙而死，享年76岁。

由于李贽入闽的二世祖林驽是一位航海家商人，经常往还于刺桐港和波斯湾之间，曾娶波斯女性为妻，从而家族中有了伊斯兰教信仰和习俗，所以李贽死前曾遗言身后从伊斯兰教葬仪。李贽一生有《藏书》、《续藏书》、《焚书》、《续焚书》、《史纲评要》，《李温陵集》,《初谭集》等上百卷之多历史。